不同冻干机性能差别很大，与干燥速率相关的性能主要是冷阱温度，冻干仓和冷阱之间的压力差大小。
压力差由冻干仓中的物料和冷凝器间温差决定，两者间温差越大，压力差就越大，水蒸汽由冻干仓向冷凝器方向流动的速度也越快，干燥时间就越短，所以冷阱温度高低是影响运行成本的重要因素。但以较高能耗为代价获得较低的冷阱温度仍会增加运行成本，所以能源消耗指标也很重要。此外冻干机的真空度变化和热传导能力也对运行成本产生一定影响。
控制预冻速度，也能够影响干燥速率。预冻速度快，冰晶粒细小，已干层孔隙细密，水分子穿越已干层流动的阻力大，影响干燥速度。适当降低预冻速度，使冰晶粒粗大，已干层孔隙大将有利于水蒸汽流动，提高干燥速度。
而在干燥中后期，随着产品已干层厚度的增加，使冰层表面受热愈加困难，干燥速度减缓，在真空环境里空气稀薄，传导和辐射是对产品冰层加热的主要方法，提高传热量是加快干燥速度方法。
